Институт проблем естественных монополий проводит исследования в области естественных монополий России – газовой промышленности, электроэнергетики и железнодорожного транспорта. Однако для всестороннего изучения всех проблем приходится выходить далеко за рамки этих трех областей. Для понимания ключевых проблем, например, железнодорожного транспорта, ведется анализ положения в транспортном машиностроении, металлургии, а для изучения процессов в электроэнергетике проводится анализ энергетического машиностроения и состояния угольной промышленности. Учитывая взаимосвязанность всех процессов, Институт проводит комплексные исследования системных проблем на уровне макроэкономики, например, взаимовлияние электроэнергетики и железнодорожного транспорта через угольную отрасль. Таким образом, некоторые направления исследования являются, с одной стороны, вспомогательными при изучении естественных монополий, но с другой стороны – это самостоятельные направления научных исследований. 

Отдельно стоит упомянуть направления «Промышленная политика». По сути, это взгляд Института на каких принципах должна развиваться российская экономика. В основу этой позиции и легли результаты всех исследований, представленных в этом разделе.